中药方剂的药效物质基础是关系到中药有效性及安全性等质量问题的关键因素,其研究方法是制约中药现代化及国际化进程的关键科学问题。中药方剂给药形式的特殊性及方证对应疗效的专属性,决定了其药效物质基础确认的复杂性。因此,寻求一种可靠的方法研究方剂的作用机制及物质基础尤为重要。代谢组学作为一个新兴学科,具有研究生命整体信息的优势,有望成为阐明中药方剂作用机制并挖掘其药效物质基础的可行方法。