梓叶槭基因组密码子偏好性分析

作者：龙婷; 董万鹏; 曹萌; 马文宝; 于涛^*

来源：西北林学院学报, 2023, 38(06): 61-80.

• 梓叶槭
• 基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

为确定槭属极小种群野生植物梓叶槭的基因组密码子使用模式和可能成因，以梓叶槭基因组中筛选的33 034个编码基因为对象，利用Codon W 1.4.2、CUSP在线程序和R 4.1.1分别进行中性绘图、PR2-plot与ENC-plot分析，揭示梓叶槭基因组密码子使用偏好性及其影响因素，确定最优密码子。结果表明，1)梓叶槭基因组密码子GC含量在0.278～0.697,不同位置上的GC平均含量为GC1(0.494)>GC3(0.417)>GC2(0.397),表明梓叶槭基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾；2)基因组中有效密码子数(ENC)在25.530～61.000,且大部分基因的ENC值>35,表明密码子偏好性较弱；3)PR2-plot与ENC-plot绘图分析结果显示，突变和选择等因素都在梓叶槭基因组密码子偏好性中起到了影响作用，但梓叶槭基因组受到突变压力的影响更大；4)最终确定UUU,UGU,CAA等29个密码子为梓叶槭基因组的最优密码子。研究结果为梓叶槭基因功能解析与后续利用基因工程技术改良槭属植物重要性状奠定了研究基础。

• 单位
  四川省林业科学研究院; 贵州省植物园