结合工作实践及当前最新研究进展对AFLP分析过程中模板DNA的制备、基因组DNA的酶切与连接、酶切连接产物的预扩增与选择性扩增、扩增产物的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳等过程中的常见问题及其解决办法作了简要综述。