基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析

作者：陈双双; 齐香玉; 冯景; 王华娣; 邓衍明^*

来源：江苏农业科学, 2021, 49(12): 39-44.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2021.12.005

• 绣球
• 基因组大小
• 流式细胞术
• K-mer分析
• Survey技术

绣球花序饱满、花型多样、花色丰富,是重要的观赏植物。很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时,花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色,使其更受消费者喜爱。但绣球基因组信息缺乏,基因资源开发和分子机制研究相对滞后。利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种"Bailer"(商品名:Endless SummerTM,中文名译为无尽夏)的基因组大小。流式细胞术分析结果表明,以豌豆(Pisum sativum L.)为对照的流式细胞术估测"Bailer"基因组大小为2.17 pg(约2.12 Gb);Illumina HiSeq PE测序产生212.41 Gb的有效数据,K-mer分析结果显示,修正后的基因组大小为1.96 Gb;根据K-mer分析,该基因组具有明显的杂合峰,杂合度和重复率分别为1.97%、72.80%。此外,经组装,该基因Contigs总数为7 418 139(N50为249 bp),总读长为1.49 Gb,Scaffolds总数为7 071 975(N50为289 bp),总读长为1.52 Gb,GC含量为38.75%。综上所述,推测绣球"Bailer"基因组大小约为1.96～2.12 Gb,属杂合度较高的复杂基因组。结果可为绣球全基因组测序及相关研究提供了理论依据。

• 单位
  生命科学学院; 江苏大学; 江苏省农业科学院