利用三代测序技术识别小鼠早期胚胎等位基因特异的转录本和剪切事件

作者：袁杰; 李敏; 黄诗圣; 舒文杰; 任超^*

来源：生物技术通讯, 2020, 31(06): 659-669.

• 三代测序技术
• 等位基因特异
• 可变剪切
• 早期胚胎

目的:探究三代测序技术在研究小鼠早期胚胎发育过程中等位基因特异的转录组和可变剪切中的优势。方法:收集已发表文献中小鼠早期胚胎的测序数据,用这些数据识别等位基因特异的转录本和可变剪切事件以及差异可变剪切事件,比较二代测序数据和三代测序数据识别的结果。结果:小鼠早期胚胎7个阶段的三代测序数据中分别识别出1288、759、734、955、976、953和834个等位基因特异的转录本,值得注意的是50%～94%的等位基因特异的转录本无法被二代测序数据所识别。与二代测序技术相比,三代测序在鉴别可变剪切事件方面具有更高的潜力,并且三代数据可以鉴别出大量准确且特异的剪切结。另外,在每个阶段平均鉴定出650个等位基因特异的可变剪切事件和26个差异可变剪切事件。结论:三代测序技术有助于发现新的等位基因特异的转录本和可变剪切事件以及差异可变剪切事件,从而为早期胚胎发育研究领域提供宝贵的注释资源。

• 单位
  广州大学; 上海科技大学