利用重测序和集团分离分析鉴定水稻中胚轴延长相关染色体区域

作者：李亚南; 严明; 冯芳君; 吴金红; 徐小艳; 范佩清; 梅捍卫

来源：上海农业学报, 2017, 33(04): 10-15.

DOI：10.15955/j.issn1000-3924.2017.04.03

• 稻
• 中胚轴延长
• 集团分离分析
• 数量性状基因座
• 候选基因

水稻幼苗的中胚轴延长特性是影响旱直播出苗和早期幼苗活力的重要性状。水稻品种‘扎西马’与‘旱恢3号’杂交产生F2:3家系群体,黑暗条件发芽幼苗的中胚轴长度呈连续分布,存在双向超亲。从具有极端表型的家系中各选1-2株中胚轴最长或最短的幼苗移植大田,分别提取DNA样品,各70个个体DNA等量混合构成2个混合DNA池。采用二代测序平台对混合DNA池进行约70×深度的全基因组重测序,集团分离分析检测到水稻第1、3、6、7、8、9、11、12染色体上18个染色体区域。根据亲本间以及长中胚轴品种光照处理的差异表达模式,推测LOCOsO1g08220和LOCOs08g15296等2个呈负调控模式的候选基因。

• 单位
  上海海洋大学; 上海市农业生物基因中心; 生命学院; 农业部