杭白菊CmbHLH96的克隆及生物信息分析

作者：何子涵; 张佳凝; 全英杰; 任镘蓉; 杨雯婷; 高日^*

来源：延边大学农学学报, 2021, 43(04): 35-40.

DOI：10.13478/j.cnki.jasyu.2021.04.006

• 杭白菊
• CmbHLH96
• 基因克隆
• miRNA

bHLH是一种转录因子,在植物生长发育过程中起着重要作用。该试验以杭白菊试管苗叶片为材料,提取RNA反转录成cDNA,设计特异引物克隆CmbHLH96基因,其全长1 203 bp,最大开放阅读框(ORF) 918 bp,编码306个氨基酸序列,分子量1 121.74 KD,理论等电点5.06,不稳定系数35.95,平均亲水性0.75,脂肪系数33.65。分析CmbHLH96蛋白结构域发现,其包含1个Helix-Loop-Helix结构域;对CmbHLH96蛋白二级、三级结构预测的结果它们主要由α螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,分别占25.82%、14.71%和59.48%。亚细胞定位预测CmbHLH96可能定位在细胞核中。通过在NCBI上进行BLAST对比并构建系统进化树,结果发现CmbHLH96与青蒿同源蛋白亲缘关系比较近。miRNA预测显示CmbHLH96基因受miR7696调控。

• 单位
  延边大学