本发明公开了一种从牡蛎酶解液中快速分离牡蛎肽的方法,该方法包括以下步骤:往灭酶后的牡蛎酶解液中加入乳化剂和脂肪酶,混匀后在35~50℃下水解4~8h,得到牡蛎二次酶解产物;往二次酶解产物中加入酵母细胞壁多糖和活性炭,在50~60℃保温中振荡0.5~1.5h,采用0.5μm滤膜真空抽滤,收集滤过液,得牡蛎肽液。本发明方法利用脂肪酶对酶解体系中的脂肪进行水解,破坏酶解体系中的乳化平衡,促使水相和油相分离。该法水解条件温和、过程安全可控,可实现大规模工业生产。