基于OpenMP的ANGSD软件优化设计和可行性研究

作者：李金光; 唐友; 李丹^*

来源：无线互联科技, 2023, 20(06): 45-48.

• OpenMP
• 下一代测序
• 多线程

近年来，多核技术在基因测序方面有着广泛的应用。因此，基因测序的并行化成为目前国内热点。在基因测序领域，随着高通量测序技术的迅猛发展和应用越加广泛，其无时无刻不在产生大量的数据。对此，串行程序进行单个程序运行已经无法满足社会对基因测序的需求。为了同时分析数千个样本，测序需要快速、灵活和内存高效地实现。文章认为，对一个名为ANGSD的程序进行OpenMP的程序并行的软件优化设计和可行性研究非常必要。

• 单位
  吉林农业科技学院; 吉林化工学院