基于GEO数据库分析非小细胞肺癌癌组织中配对盒基因8的表达及其与病人预后的关系

作者：渠茂林

来源：安徽医药, 2021, 25(06): 1169-1172.

• 癌,非小细胞肺
• 高通量基因表达数据库(GEO数据库)
• 配对盒基因8

目的探讨基于高通量基因表达数据库(Gene expression Omnibus,GEO数据库)分析配对盒基因8(PAX8)在非小细胞肺癌(NSCLC)病人癌组织中的表达情况及与预后的关系。方法利用在线工具Oncomine分析PAX8在NSCLC与正常肺组织的表达情况,基于GEO数据库下载相关芯片数据(GSE77803),收集156例NSCLC组织的基因表达谱及相关临床数据,采用中位数法将其分为PAX8低表达组(n=78)和PAX8高表达组(n=78)。分析PAX8的表达与病人性别、年龄、病理类型、T分期、N分期和术后复发情况之间的关系;采用生存分析PAX8的表达与病人预后生存之间的关系;采用基因本体(GO)注释分析PAX8基因的功能,采用KEGG PATHWAY分析PAX8可能参与的信号通路。结果 TCGA Lung 2数据集共检测了1 537个样本,其中正常肺组织样本390例,肺癌组织样本共721例,血液样本420例,无意义样本6例。与正常肺组织相比,PAX8在肺腺癌和肺鳞癌中表达水平明显升高(P<0.05);基于GEO数据库中GSE77803(GPL570)数据集分析,NSCLC癌组织中PAX8的表达水平与病人的T分期、N分期和是否复发有关(P<0.05),生存分析显示,癌组织中PAX8低表达病人的总生存率为52.94%,中位生存期为54.6个月,显著高于PAX8高表达病人(34.35%,48.6个月)(log-rank χ2=4.609,P=0.032)。PAX8低表达病人无病生存率为42.50%,中位生存期为51.7个月,显著高于PAX8高表达病人(28.71%,40.8个月)(log-rank χ2=5.712,P=0.017);GO注释和KEGG分析显示,PAX8可能参与调节NSCLC发生发展相关的信号通路的表达。结论 PAX8蛋白在肺腺癌和肺鳞癌中均存在异常高表达,PAX8低表达NSCLC病人具有更高的生存率。