铜绿假单胞菌对鲎素耐药前后的差异表达基因及SNP变化研究

作者：洪军; 卫夏怡; 吉冰洁; 叶延欣; 程天赐

来源：生物技术通报, 2021, 37(09): 191-202.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2020-1445

• 铜绿假单胞菌
• 转录组测序
• sRNA
• SNP
• 靶基因
• 富集分析

为了探讨铜绿假单胞菌对鲎素抗菌肽的耐药性机制,在转录组水平上通过对铜绿假单胞菌抗鲎素突变株和原始菌株的差异表达基因以及差异表达的sRNA靶基因、SNP的变化进行分析。结果表明,通过GO功能和KEGG通路富集发现差异表达基因与细胞膜的组成部分、核苷酸结合、甲酸脱氢酶(NAD+)活性等功能有关,但无显著富集通路;其中有22个差异表达基因发生SNP的碱基突变,涉及到编码脂质A脱酰基酶、外膜蛋白、冷休克蛋白、以及与脂多糖的修饰相关等已知基因和一些编码的假定蛋白有关。进一步预测与分析找到11个差异表达的sRNA和对应的863个差异表达靶基因,这些sRNA靶基因主要与组氨酸生物合成、高丝氨酸激酶活性、5-羧甲基-2-羟基黏液酸δ-异构酶活性功能最相关。推测铜绿假单胞菌对鲎素的耐药性可能是通过影响氨基酸合成与代谢、膜蛋白的形成与修饰、铁离子代谢等途径来调控的,并使极个别基因发生碱基突变,同时sRNA通过作用于相关的靶基因发挥其调控作用。对于发生SNP突变的基因及sRNA对其靶基因mRNA调控有待进一步验证。

• 单位
  河南城建学院