基于公共数据库挖掘肝细胞癌预后相关的长链非编码RNA分子标签

作者：肖金荣; 王可; 刘颖; 李泽武; 周玉静; 王唤卓; 卢静雅; 程珊珊; 魏晟^*

来源：中华流行病学杂志, 2019, 40(07): 805-809.

• 肝细胞肿瘤
• 分子标签

目的通过对癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)公共数据库中肝细胞癌病例癌和癌旁组织RNA测序数据的分析, 挖掘与肝细胞癌预后相关的长链非编码RNA(lncRNA)分子标签。方法截至2018年2月, 从TCGA数据库中获得377例肝细胞癌病例的癌及癌旁组织RNAseq数据及临床预后信息, 将50对癌和癌旁组织的lncRNA表达水平进行差异t检验分析, 进而采用LASSO Cox回归分析筛选肝细胞癌预后相关的lncRNA, 并构建lncRNA分子标签。将所有病例按分子标签表达水平分为4组(<P25、P25～、P50～、≥P75), 采用Cox回归计算P25～、P50～、≥P75组相对于<P25组的预后风险比, 进而评估分子标签表达水平对肝细胞癌病例总体生存率的影响。结果筛选出951个癌和癌旁组织中表达水平有统计学意义差异的lncRNA, 通过LASSO Cox回归分析进一步筛选出3个lncRNA(LNCSRLR、MKLN1-AS及ZFPM2-AS1), 并构建分子标签。分子标签表达水平≥P75组的死亡风险是<P25组的1.57倍(95%CI:1.06～2.31, P<0.05)。结论通过对TCGA数据库的挖掘, 由LNCSRLR、MKLN1-AS及ZFPM2-AS1构建的lncRNA分子标签表达水平与肝细胞癌病例的预后有关。

• 单位
  公共卫生学院; 华中科技大学同济医学院