事业单位财政专项资金是国家帮助和扶持地方经济、科技、技术发展的重要举措,在近几年的发展中国家对事业单位财政专项资金的投入总额逐年呈现上涨趋势,为了保证财政专项资金被合理、有效、规范的使用,完善财政专项资金管理,强化其操作流程,对于提升其综合使用效率而言意义重大。本次内容研究的过程中以事业单位财政专项资金为基本着眼点,详细地分析现阶段事业单位财政专项资金管理过程中存在的问题,针对这些问题提出了切实可行的建设性意见,这对于推进事业单位财政专项资金管理水平的提升有着一定的助益。