广西莪术EST-SSR标记开发

作者：杨妮; 郭嗣斌; 王建; 刘平武; 李孝琼; 苏伟敏; 靳雅慧

来源：现代中药研究与实践, 2017, 31(02): 12-16.

DOI：10.13728/j.1673-6427.2017.02.004

• 广西莪术
• EST-SSR
• 引物开发

目的利用NCBI公布的姜黄EST序列,挖掘SSR位点,开发近缘种广西莪术EST-SSR标记。方法下载NCBI公布的姜黄EST序列,利用SSR-FINDER搜索SSR位点,采用Primer5.0设计SSR引物,挑选30个表现型差异较大的广西莪术进行有效性及多态性检测。结果 12 678条EST序列含有SSR位点1 243个,其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别占50.36%,31.54%,以AT/TA和CT/GA出现频率最高。利用Primer5.0设计引物共325对,PCR检测表明,104对引物可以扩增出稳定清晰的带型;在至少30份不同种质广西莪术中检测到48对SSR引物具有多态性,占设计引物的38.09%。结论姜黄EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高。

• 单位
  广西壮族自治区水牛研究所; 广西中医药大学; 广西大学; 柳州市妇幼保健院; 广西壮族自治区农业科学院水稻研究所