Msx1在抑制性靶标基因上的结合位点倾向于分布在LADs内

作者：石慧媛; 杨宇; 王敬强

来源：基因组学与应用生物学, 2017, 36(07): 2599-2605.

DOI：10.13417/j.gab.036.002599

• 细胞核核周
• 核纤层
• LADs
• Msx1

在细胞核内,基因组的空间排列并不是随机的。不同种类细胞的染色质会有不同的空间排布;同一种类细胞的染色质,在不同的发育过程中,其空间排列也不尽相同。核纤层可以和染色质上的LADs(lamina-associated domains)相结合,使LADs锚定在细胞核核周,从而抑制特定基因的转录。我们前期研究发现,在肢体发育过程中,同源异型框蛋白Msx1富集在细胞核核周。而且,在小鼠成肌细胞C2C12中,外源性的Msx1也富集在细胞核核周,与此同时,Msx1的抑制性靶标基因(Myo D,Myf5等)也倾向于定位在细胞核核周。那么,Msx1对其靶标基因的抑制是否与LADs有关呢?因此,我们系统地分析了Msx1在基因组水平对DNA的结合与LAD之间的关系。研究表明,在小鼠成肌细胞C2C12中,作为转录抑制因子,Msx1在基因组内的结合位点约有20%(这些结合位点几乎都位于抑制性靶标基因内)位于LADs内或者与之重叠。反之,68%71%的LADs含有至少一个Msx1结合位点,而在与细胞核核周相结合的LADs中,高达75%的LADs含有至少一个Msx1结合位点。而主要作为转录激活因子的Myo D,其在基因组内的结合位点虽与Msx1基本同样多,但位于LADs内或者与之重叠的就较少;含有至少一个Myo D结合位点的LADs也明显较少。这表明Msx1在抑制性靶标基因上的结合位点倾向于分布在LADs内,这为今后研究Msx1抑制靶标基因的机制提供了新的思路。

• 单位
  复旦大学; 遗传工程国家重点实验室; 生命科学学院