食管鳞状细胞癌关键基因筛选与生物学途径分析

作者：陆必燊; 晏峻峰^*

来源：生命科学研究, 2022, 26(02): 165-174.

DOI：10.16605/j.cnki.1007-7847.2020.09.0249

• 食管鳞状细胞癌(ESCC)
• GEO数据库
• 差异表达基因
• 生物学途径
• 生物信息学

利用生物信息方法筛选食管鳞状细胞癌的关键基因,并分析相关生物学途径。从GEO数据库下载GSE20347、GSE29001、GSE33426、GSE45168和GSE70409基因芯片表达谱,利用RobustRankAggreg方法对数据进行整合分析,得到差异表达基因。应用DAVID数据库对筛选的基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络识别功能模块。最后,基于Cytoscape软件,利用Degree、MCC、MNC、EPC 4种算法筛选关键节点基因,并在GEPIA数据库中对关键节点基因进行验证。结果显示:共筛选出373个差异表达基因,包括154个表达上调基因和219个表达下调基因,主要涉及细胞外基质组成、细胞质、蛋白质结合、氧化还原过程、细胞外泌体、钙离子结合、阿米巴病、PI3K-Akt信号通路、ECM-受体相互作用、黏着斑及蛋白质消化与吸收等功能和通路。蛋白质相互作用网络和韦恩图分析得到两个主要功能模块和7个关键基因CDK1、KIF20A、TTK、CDC45、CCNB2、TPX2、KIF4A,其中KIF20A、KIF4A在食管鳞状细胞癌中的相关研究较少。验证结果显示, 7个关键基因在食管鳞状细胞癌中均表达增高。本研究分析得到的关键基因和生物学途径有望为食管鳞状细胞癌的诊断及治疗提供生物信息学依据。

• 单位
  湖南中医药大学