基于建模的功能非编码RNA保守结构查询

作者：罗海琼; 周嘉; 蓝朝旺; 陈庆锋

来源：广西大学学报(自然科学版), 2013, (06): 1431-1435.

DOI：10.13624/j.cnki.issn.1001-7445.2013.06.006

• 距离
• 模型
• 非编码RNA
• 二级结构 distance
• model
• noncoding RNA
• secondary structure

许多研究已经证明了多种ncRNA的存在,并且有些非编码RNA可能在遗传系统中起着多种催化和调控作用。为了识别的ncRNA的结构—功能关系,运用一组距离约束的新方法对要预测的RNA二级结构进行建模。此外,还采用了一种过滤模式用以识别查询的二级结构的匹配模型。研究结果表明:基于距离约束的方法可以降低预测RNA二级结构的时间复杂度;而过滤模式可以过滤掉很多数据库中不相似的RNA模型。实验结果证明基于距离约束的方法在预测ncRNA结构中更具有应用价值。

• 单位
  广西医科大学; 广西大学; 广西医科大学第一附属医院