基于生物信息学途径探索前列腺癌的关键基因

作者：赵海波; 徐桂彬; 杨炜青; 李协照; 陈双星; 甘雨; 苏郑明; 盛明; 曾彦茹

来源：中华男科学杂志, 2021, 27(06): 489-498.

DOI：10.13263/j.cnki.nja.2021.06.002

• 前列腺癌
• 差异表达基因
• 关键基因
• 生物信息学

目的:利用生物信息学方法探索影响前列腺癌发生的关键基因,以助于了解前列腺癌发生及发展的分子机制。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载微阵列数据集GSE70770、GSE32571及GSE46602,通过GEO2R在线分析工具筛选出正常前列腺组织与前列腺癌的差异表达基因(DEGs)并进行功能富集分析。使用STRING构建DEGs的蛋白质-蛋白质互作网络(PPI)和Cytoscape进行模块化分析。结果:共筛选出235个DEGs,其中,上调基因61个,下调基因174个。功能富集显示DEGs显著富集于黏着斑激酶、细胞外基质(ECM)受体相互作用等通路功能。筛选出MYH11、TPM1、TPM2、SMTN、MYL9、VCL、ACTG1、CNN1、CALD1、ACTC1、MYLK和SORBS1为高度连接的关键基因(Hub genes),层次聚类分析显示12个DEGs可基本上区分前列腺癌及非癌组织。结论:本研究筛选出235个DEGs和12个Hub genes,有助于了解前列腺癌发生及发展的分子机制,并为前列腺癌的诊断和治疗提供候选靶标。

• 单位
  广州医科大学附属第五医院; 华南理工大学; 广州市第一人民医院