球花石斛(Dendrobium thyrsiflorum)叶绿体基因组特征及亲缘关系解析

作者：朱斌; 甘晨晨; 王洪程^*

来源：生物技术通报, 2021, 37(05): 38-47.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2020-1380

• 球花石斛
• 叶绿体基因组
• 高通量测序
• 系谱分析

球花石斛(Dendrobium thyrsiflorum)主要分布在我国云南地区,是非常重要的传统中药材及观赏花卉。本研究整合二代、三代测序数据,从头组装了球花石斛的完整叶绿体基因组。球花石斛叶绿体基因组全长151 686 bp,为典型的四分结构,包含106个unigenes,其中编码基因71个,tRNA 31个,rRNA 4个。球花石斛叶绿体基因组检测到58个SSR(simple sequence repeat)位点,以单碱基重复A/T类型为主。密码子偏好性分析显示,亮氨酸为使用频率最高的氨基酸(10.15%),具有偏好性的密码子有31个,且绝大多数偏好性密码子以A/U结尾。通过共有编码基因序列(coding sequence,CDs)对27种石斛进行系统进化分析,将所选石斛分为9大类群,其中球花石斛与霍山石斛亲缘关系密切。本研究结果阐明了球花石斛的叶绿体基因组特征,为其资源筛选、鉴定,遗传多样性分析提供分子依据。

• 单位
  生命科学学院; 贵州师范大学