利用14条引物对滇产16份紫苏资源的遗传多样性进行ISSR分析,共扩增出128条条带,其中81条为多态带,平均多态率为62.54%,表明云南紫苏资源的遗传多样性程度较高。采用SPSS16.0软件分析,16份滇产紫苏资源间的Rogers-Tanimoto相似性系数界于0.463~0.882之间。UPGMA法聚类将16份紫苏资源分为5类,分别对应紫苏种下的5个变种,研究结果为云南紫苏种下变种的分类提供了分子水平的依据。