肝癌相关基因的生物信息学分析及功能预测

作者：陈林波; 李先鹏; 姜昊; 曾丽丽; 郑静蕾; 许丰^*

来源：温州医科大学学报, 2018, 48(11): 828-832.

• 肝肿瘤
• 关键基因
• 生物信息学

目的:应用生物信息学技术探索肝癌发病机制。方法:从公共数据库(GEO)下载肝癌相关基因芯片并用R语言筛选差异表达基因,用GO分析和KEGG信号通路分析对差异表达基因进行功能注释,之后构建蛋白质相互作用网络筛选关键基因,最后在GEPIA数据库对关键基因进行验证。结果:共筛选出154个在肝癌中差异表达的基因,GO分析显示差异表达基因生物学功能主要涉及端粒合成、DNA复制和基因表达调控,KEGG分析显示差异表达基因主要和矿物质吸收、系统性红斑狼疮、肿瘤细胞碳代谢等通路有关。蛋白质相互作用网络筛选出TOP2A、CENPF、ASPM、NEK2、CCNA2、PRC1、MELK、CCNB2、RACGAP1、NUSAP1 10个关键基因。GEPIA数据库验证结果显示10个基因均在肝癌组织中高表达,并和肝癌患者的不良预后有关。结论:生物信息学能有效筛选和分析肝癌相关差异表达基因,并为进一步探索肝癌发病机制提供理论依据。

• 单位
  宁波市鄞州人民医院