LncRNA在胃癌中的表达及其预后价值

作者：陈伟; 戴伟钢; 张常华; 何裕隆

来源：消化肿瘤杂志(电子版), 2016, 8(04): 254-261.

• lncRNA
• TCGA
• 胃癌
• mRNA测序
• 预后
• HOTAIR

目的长链非编码RNA(1ncRNA)在肿瘤中的作用已经逐渐被证实,但是目前尚没有大样本的基因组学研究评估lncRNA在胃癌中的表达水平及其预后价值。本研究采用TCGA全基因组mRNA测序资料研究lncRNA在胃癌中的表达。方法TCGA胃癌mRNA测序数据经过滤后提取lncRNA.采用R软件包DESeq2对组间差异表达基因进行分析:同时对存在差异表达的lncRNA进行生存分析。结果基因差异表达分析共鉴定出61个lncRNA在胃癌组织中表达异常,其中46个lncRNA在胃癌中上调,15个lncRNA在胃癌中下调(矫正后P<0.001:倍数变化绝对值>2)。不同分子亚型胃癌的lncRNA表达情况不完全相同.其中lncRNA RP11-400N13.2和RP11-297P16.4在EBV型胃癌中表达最高。聚类分析显示.按照lncRNA表达对胃癌进行分类与胃癌分子分型的一致性较高。生存分析鉴定出16个具有预后意义的差异表达lncRNA(P<0.05).其中lncRNA高表达者预后较好的有AC004870.4、CYP4A22-AS1、CTD-2377D24.6、RP11-IOA14.5、RP11-328K4.1、HOXA-AS4、RP11-497G19.1、RP11-10290J19.4:lncRNA高表达者预后较差的有AP000695.6、AC093850.2、RP11-400N13.3、RP11-148L24.1、RP11-1069G10.1、CTB-113P19.4、RP11-417E7.2、AC002398.12。HOTAIR在胃癌中表达明显升高(对数倍数变化5.16:校正后P=1.72×10~(-33)):而ANRIL和GAS5在肿瘤和正常组织中无明显差异。结论本研究通过分析大样本胃癌lncRNA表达谱研究数据,发现了一批异常表达lncRNA,有望为胃癌的靶向治疗和预后评估提供新的治疗靶点和分子标志物。

• 单位
  中山大学; 中山大学附属第一医院