COPD差异表达基因的生物信息学分析及在LUSC样本中的表达

作者：刘艳玲^*; 刘静; 童明琼; 范娜; 王晓玥; 孙婉

来源：生物信息学, 2022, 20(04): 294-302.

• COPD
• 差异表达基因
• 生物信息学分析
• LUSC

为确定慢性阻塞性肺病(COPD)的分子标记物及COPD与肺鳞状细胞癌(LUSC)共存的差异表达基因，探寻COPD合并肺癌的预测因子，发现新的治疗靶点。本研究采用生物信息学方法，从GEO数据库中筛选3套基因芯片数据集，挖掘COPD患者小气道上皮细胞(SAEC)的差异表达基因(DEG)以及潜在的生物标记物，并通过基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析预测DEGs的功能及参与的代谢途径。继而对DEGs构建PPI网络，使用Cytoscape软件筛选子模块和Hub基因，并将Hub基因通过TCGA数据库分析其在LUSC中的差异表达情况及差异基因间的相关性。结果共获得52个上调基因和24个下调基因，代谢通路主要集中在细胞色素P450对外源物质的代谢、化学致癌、花生四烯酸代谢及甲状腺激素合成四条途径上，通过Cytoscape软件从PPI网络中筛选得到2个功能模块和10个Hub基因，进一步验证发现其中5个基因在TCGA数据库中的LUSC样本中同样差异表达。由此推测SPP1、ALDH3A1、SPRR3、KRT6A和SPRR1B可能为COPD分子标记物及COPD与LUSC共存的DEGs,从而为研究COPD和LUSC的发病机制及二者潜在关系奠定良好的基础。

• 单位
  德州学院