大白菜BrROP基因家族的生物信息学分析

作者：闫敏; 王晗; 刘少华; 顾小敏; 许晔

来源：河南农业科学, 2020, 49(04): 93-100.

DOI：10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.04.013

• 大白菜
• BrROP基因家族
• 生物信息学
• 系统分析

为了揭示大白菜BrROP基因家族的功能和进化关系,利用生物信息学方法对大白菜BrROP基因家族成员进行了鉴定,并对其基因结构、蛋白质序列、染色体定位、保守结构域、进化关系和表达模式等进行系统分析。结果表明,在大白菜基因组中共鉴定出22个BrROP基因成员,在大白菜染色体上呈不均匀分布;氨基酸序列分析表明,BrROP蛋白的结构较保守,均含有G结构域(G1—G5)、效应因子结合点、插入序列和C端可变区;根据系统发育进行聚类分析,大白菜BrROP基因可被分为4类,GroupⅠ、GroupⅡ、GroupⅢ和GroupⅣ;利用EMBL-EBI数据库对BrROP基因家族进行分析,22个BrROP基因在大白菜根、茎、叶、花和角果中呈组织差异表达。

• 单位
  化学化工学院; 江苏第二师范学院