应用宿主应答分析与VSITA宏基因组测序技术在疑似脑炎患者脑脊液中检出病原体

作者：张益; 李洋; 杨梦婕; 张红^*; 马学军

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2019, (03).

• 脑炎
• 病毒靶向富集技术
• 宏基因组测序
• 宿主应答
• 巨细胞病毒

目的 对5份疑似脑炎患者的临床脑脊液中可能存在的病原体进行检测。方法 同时采用随机扩增方式与病毒序列非依赖性的病毒靶向富集技术(virus sequence independent targeted amplification,VSITA)对5份脑脊液中的病毒病原进行样本制备,然后进行宏基因组二代测序,同时分析宿主转录组。最后结合定量PCR验证所检测到的病原。此外,比较两种样本制备方法的富集效率。结果 通过高通量测序结合宏基因组分析的方法在3份脑脊液样本中检出巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)核酸序列,定量PCR验证为弱阳性(Ct值分别为30.23、32.83、34.8)；转录组分析后的差异基因集进行功能富集后结果提示宿主CMV感染通路(Human cytomegalovirus infection)上调(P＝0.213)。病毒靶向扩增建库的测序结果优于随机方法(P＝0.096)。结论 差异分析结果显示宿主对于CMV感染通路的表达有所提升,进一步证明了该疑似脑炎患者脑脊液中存在CMV感染。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 湖南省疾病预防控制中心