全转录组测序分析精子发生中RNA结合蛋白质的动态表达

作者：李凯; 邙新雨; 邹定峰; 李梦真; 缪时英; 王琳芳; 宋伟^*

来源：基础医学与临床, 2021, 41(06): 825-830.

DOI：10.16352/j.issn.1001-6325.2021.06.009

• RNA结合蛋白质
• 转录组
• 共表达
• 精子发生

目的系统解析RNA结合蛋白质(RBPs)在小鼠精子发生中的动态表达全貌、阶段特异性及协同表达模式,并预测其潜在调控作用。方法整合6种类型生精细胞的全转录组测序数据,分析精子发生全程差异表达的RBPs;利用时间序列分析软件(STEM)分析差异表达RBPs动态表达模式;利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定精子发生中协同表达的RBPs;通过ClusterProfiler工具分别对差异表达以及协同表达的RBPs进行GO功能富集分析。结果精子发生中共鉴定519个阶段特异表达的RBPs,并具有7种动态表达模式,其中减数分裂时期的RBPs占比最高;GO分析显示RBPs主要参与mRNA选择性剪接、加工或翻译过程;WGCNA分析获得246个共表达RBPs,其中减数分裂时期共表达RBPs占比最高。结论 RBPs在精子发生中呈现阶段特异性,并且以协同表达模式发挥调控作用。其在精子发生早期阶段参与RNA加工或剪接等过程,而在后期阶段参与核糖体组装或RNA翻译等过程。

• 单位
  北京协和医学院; 中国医学科学院基础医学研究所; 医学分子生物学国家重点实验室