基于三代测序技术的RHD、RHCE基因mRNA研究

作者：官笑羽; 纪欣; 李玲; 徐海霞; 田力; 任琪; 何知航; 王珏^*; 刘忠^*

来源：中国输血杂志, 2023, 36(02): 115-120.

DOI：10.13303/j.cjbt.issn.1004-549x.2023.02.006

• RH基因
• el表型" name="keyword">Del表型
• 三代测序技术
• 转录本
• 选择性剪接

目的 建立基于Nanopore的RH基因mRNA三代测序方法，探讨D阳性和Del表型中RHD、RHCE基因mRNA转录本的种类和表达水平差异。方法 选取2021年3月～2022年5月成都市各医院送检至本实验室的经RhD血清学初筛及确证试验阴性的RhD阳性标本5例、Del型标本5例。分离有核红细胞和白膜层，提取DNA和RNA,采用PCR-SSP对RhD阳性、Del型基因分型，mRNA逆转录为cDNA后，采用1对引物同时对RHD、RHCE基因的全长mRNA扩增。分别采用Sanger测序和基于纳米孔的三代测序技术对扩增产物进行测序，并对RHD、RHCE基因mRNA转录本的不同剪接体种类和表达量进行分析。结果 本研究建立的方法可同时扩增出RHD和RHCE的全长转录本，在10例标本中检测到了10种不同RHD基因mRNA转录本、9种RHCE基因mRNA转录本。Del型中可检测到RHD的全长转录本(RHD-201),但表达量显著低于RhD阳性标本，Del标本中转录本RHD-207(Del789)表达量显著高于RhD阳性标本，转录本RHD-208(Del8910+213)仅在Del型个体中检出，其他RHD转录本以及所有RHCE转录本在2种个体中未发现显著差异。结论 本研究成功建立了RHD、RHCE基因mRNA三代测序全长转录本异构体的分析方法，发现RHD、RHCE基因存在复杂的选择性剪接模式，为血型基因变异体mRNA选择性剪接研究提供了新方法。

• 单位
  中国医学科学院; 安徽医科大学; 中国医学科学院北京协和医学院; 公共卫生学院