基于16S rRNA基因测序的寻常型银屑病患者肠道菌群差异研究

作者：王丽玮; 徐浩翔; 段志敏; 崔盘根; 龚春燕; 李岷^*

来源：中华皮肤科杂志, 2020, 53(09).

• 银屑病
• 肠道
• 生物群
• RNA, 核糖体, 16S
• 基因测序

目的研究成年寻常型银屑病患者和健康人群之间肠道微生物的差异。方法采集2017年9月至2018年2月于中国医学科学院皮肤病医院确诊的22例寻常型银屑病患者和23例健康对照者粪便样本, 提取肠道菌群总DNA扩增, 并采用二代16S rRNA基因靶向测序技术测序, 分析菌群多样性及菌群分布。对照Silva数据库进行物种注释及分类, 采用秩和检验分析各层级样本物种差异;采用QIIME软件(Version 1.9.1)计算OTU数目及α多样性主要指数(Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数), t检验分析指数差异;PCoA分析反映样本β多样性差异, 置换多元方差分析两组群落组成结构差异;秩和检验及LEfSe分析评估物种差异。结果银屑病组OTU数目(147.55 ± 57.07)与健康对照组(148.96 ± 50.45)比较, 差异无统计学意义(t = 0.088, P = 0.930)。银屑病组Shannon指数(4.08 ± 0.80)、Chao1指数(169.52 ± 63.17)、Simpson指数(0.87 ± 0.07)与健康对照组(分别为4.11 ± 0.94、175.36 ± 53.59、0.86 ± 0.90)比较, 差异均无统计学意义(t = 0.12、0.34、0.27, 均P > 0.05)。PCoA分析银屑病组与健康对照组的第一主成分差异为49.8%, 第二主成分差异为15.62%, 置换多元方差分析显示两组间β多样性差异有统计学意义(P = 0.011)。银屑病组与健康对照组有差异的菌群包括在银屑病组中显著升高的厚壁菌门、梭菌纲、梭菌目, 丹毒丝菌目、丹毒丝菌科, 健康对照组中显著升高的艾普西隆变形杆菌纲、弯曲杆菌目、弯曲杆菌科、弯曲杆菌属, 拟杆菌目、拟杆菌科。结论寻常型银屑病患者与健康人的肠道菌群存在一定差异, 肠道菌群有可能成为寻常型银屑病的潜在生物标志物。

• 单位
  北京协和医学院; 中国医学科学院