横琴深合区的跨境治理不仅限于社会治理，科技创新合作同样是跨境治理领域重要内涵之一。横琴的科技创新不仅需要打通粤港澳三地科技部门之间的制度协作，更重要的是通过体制机制建设，充分鼓励科技创新元素的自由流动，并且通过科技战略目标构建、区域科技政策调适、国家科技资源投入等方面的行动，将国家战略适时嵌入到珠海—横琴—澳门区域科技创新中心建设之中，从而推动真正能够促进粤港澳跨境区域科技创新能力不断提升的体制机制最终形成。
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