广西新型鸭呼肠孤病毒流行毒株GX01-2020全基因组分子特征分析

作者：谢守玉; 刘惠心; 周媛; 熊陈勇; 施开创; 屈素洁; 苏文广; 温新瑞; 李媛; 李春英; 邓桂潮; 尹彦文^*

来源：中国兽医学报, 2022, 42(04): 643-650+661.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2022.04.05

• 新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)
• 全基因组测序
• 遗传进化

为了解广西新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus, NDRV)流行毒株的分子遗传特征，采用RT-PCR分段进行全基因组序列扩增，经克隆、测序、拼接后，获得1株NDRV全基因组序列(命名为GX01-2020株)。结果显示，GX01-2020株基因组全长23 353 bp,分为10个片段，大小从1 194 bp(S4)至3 958 bp(L1)不等。同源性分析显示，GX01-2020株10个片段核苷酸同源性与NDRV代表毒株最高，为86.2%～99.4%,其中μB片段核苷酸同源性最低的毒株为番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus, MDRV),其他片段则为鸡源禽呼肠孤病毒(chicken-origin reovirus, CRV),说明不同片段来源祖先不完全相同。遗传进化分析显示，10个片段遗传进化树中，L2、L3片段中MDRV参考毒株及σA片段中NDRV参考毒株均形成两个进化分支，与其他片段不同，说明不同片段与参考毒株的遗传关系不尽相同。重组分析显示，GX01-2020株的L1片段存在重组信号，重组亲本毒株分别为北京MDRV＿J18株和福建DRV＿NP03株。本研究丰富了NDRV基因库相关信息，同时为广西地区NDRV的分子流行病学研究和有效防制措施制订提供了一定的参考。

• 单位
  钦州市动物疫病预防控制中心; 广西壮族自治区动物疫病预防控制中心; 广西大学