甜瓜GRF转录因子的全基因组鉴定和分析

作者:金兰; 哈斯阿古拉; 高峰*
来源:基因组学与应用生物学, 2020, 39(08): 3554-3560.
DOI:10.13417/j.gab.039.003554

摘要

生长调节因子(growth-regulating factor, GRF)在调节植物生长和发育方面起到重要的调控作用,在拟南芥中研究发现,GRF家族蛋白具有正向调控茎和叶生长发育的生物学功能,并且不同植物间、同一物种的不同成员间其生物学功能又存各异。本研究应用生物信息学方法,在甜瓜全基因组中鉴定得到7个GRF家族成员,命名为CmGRF1~CmGRF7,对理化性质、基因结构、保守基序及进化关系进行预测和分析。结果表明,CmGRF基因均含有3~4个不同的内含子,进化分析将GRF蛋白分为2种不同的类型(ClassⅠ, ClassⅡ),甜瓜与黄瓜的GRF蛋白聚类在一起并且在同一组聚类中具有非常高的自举值,WRC和QLQ是GRF蛋白特有的保守基序,在所有的预测蛋白中鉴定得到。通过甜瓜GRFs基因家族的系统分析,为进一步阐明甜瓜中GRF蛋白结构及功能提供科学依据和有价值的资料。