鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

作者：朱春红; 陶志云; 刘宏祥; 宋卫涛; 章双杰; 徐文娟; 原志伟; 李慧芳^*

来源：畜牧兽医学报, 2020, 51(12): 3001-3012.

• 16S rRNA测序
• 菌群
• 肠道
• 拟杆菌
• 鸭

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物(P<0.05),回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria),上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。

• 单位
  江苏省家禽科学研究所