紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析

作者：梁燕妮; 黄银霞; 魏诗琴; 陈秋雨

来源：江苏农业科学, 2022, 50(03): 42-48.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2022.03.007

• 茶树
• 六堡茶
• 转录组
• SSR位点
• 序列分析

以广西梧州紫芽六堡茶为研究对象，运用MISA软件对转录组测序获得的165 570条unigene序列(总长度为240 177 233 bp),进行SSR位点搜索。使用Excel软件对SSR位点的出现频率、基元类型、基元组成、平均距离等进行处理分析。结果表明，共在10 058条unigene中找到符合条件的SSR位点11 482个，出现频率为6.93%,平均距离为20.92 kb,平均长度为20.80 bp。紫芽六堡茶转录组SSR中，双碱基重复是主要的重复类型，占总SSR的19.03%,GA/TC、GAA/TTC、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT分别是双碱基、三碱基、四碱基、五碱基的优势重复单元。序列长度大于20 bp的SSR位点数占总SSR的44.05%,其中长度为24 bp的SSR位点数最多，占SSR总数的16.01%。说明紫芽六堡茶转录组SSR种类丰富、可用性高、多态性高。通过对SSR位点的分布特征和序列特征进行分析，可为后续六堡茶的进化、品种鉴定、分子育种等研究提供依据。

• 单位
  梧州学院