芝麻EST-SSR标记的开发和初步研究

作者：魏利斌; 张海洋; 郑永战; 郭旺珍; 张天真

来源：作物学报, 2008, (12): 2077-2084.

• 芝麻
• 表达序列标签(EST)
• 简单重复序列(SSR)
• 多态信息含量(PIC)
• 遗传多样性 Sesame (Sesamum indicum L.)
• EST
• SSR
• PIC
• Genetic diversity

为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequencetags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148条序列中共检测有155个EST-SSR。非冗余EST序列总长为774.27kb,平均每4.99kb含有一个EST-SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,以AG/TC为重复基元(motif)的SSR出现最多,占总SSR的37.42%。利用这些序列,设计开发了50对EST-SSR引物,并分别选用36个芝麻、2个棉花、2个大...

• 单位
  作物遗传与种质创新国家重点实验室; 南京农业大学