本发明公开了一种基于可极化键模型的分子对接方法,其特点是该方法在传统的分子对接的基础上,基于配体所处的蛋白环境,识别配体中含有的可极化键并进行电荷的更新,然后重新分子对接(强制使用更新后的电荷),重复这一操作,直至能量达到收敛获取最佳的结合模式。本发明与现有技术相比具有增强了EPB电荷的极化效应,增强分子间氢键相互作用,有效提高了分子对接的精度,且较结合QM/MM等量化的分子对接方法更加高效。