铜死亡关键调控基因铁氧化还原蛋白1的生物信息学分析

作者：关蕴良

来源：江苏大学学报(医学版), 2023, 33(04): 310-322.

DOI：10.13312/j.issn.1671-7783.y220159

• 铜死亡
• 铁氧化还原蛋白1
• 生物信息学
• 细胞程序性死亡
• 肿瘤

目的:通过生物信息学方法对铜死亡关键调控基因铁氧化还原蛋白1(ferredoxin 1,FDX1)的基因结构和特性进行解析。方法:从GenBank数据库获取人FDX1基因DNA序列，利用数据挖掘软件对其一般特性、结构识别、特性分析和组织表达4个方面进行生物信息学分析。结果:人FDX1基因定位于11q22.3,基因总长35 553 bp,密码子偏性较强，重复序列占基因总长61.40%;上游2 000 bp区域存在5个启动子(评分>0.90)、71个转录因子结合位点、多聚腺苷酸尾信号在518位点，未预测到CpG岛；亚细胞定位在线粒体的可能性最大；分子功能预测其具有2Fe-2S簇结合等活性；人FDX1 mRNA相对表达水平最高为肾上腺[146(100×FPKM)1/2],各组织癌症特异性程度都较低。结论:FDX1的线粒体亚细胞定位、具有2Fe-2S簇活性以及涉及的信号通路等基因特性，从生物算法角度证实其可作为铜死亡关键调控基因。

• 单位
  攀枝花学院; 基础医学院