全基因组测序分析北京地区人源结肠弯曲菌基因组特征和耐药性

作者：张代涛; 张新; 黄瑛; 吕冰; 田祎; 林长缨; 王宇; 曲梅^*

来源：中国人兽共患病学报, 2023, 39(07): 682-694.

• 结肠弯曲菌
• 全基因组测序
• 耐药性
• 毒力特征

目的 了解北京地区人源结肠弯曲菌的耐药特征、毒力特征及多位点序列分型等遗传进化关系。方法 对2019-2021年北京市肠道门诊腹泻病例中分离到的36株结肠弯曲菌，采用琼脂稀释法进行抗生素敏感性检测；基于全基因组测序结果分析其耐药基因、毒力基因、多位点序列分型及全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide polymorphisms, wgSNPs)遗传进化分析。结果 36株结肠弯曲菌对萘啶酸和四环素的耐药率为100.0%,对环丙沙星的耐药率为97.2%,对红霉素和阿奇霉素的耐药率为38.9%;36株菌均为多重耐药株，有10种耐药模式。基于全基因组测序结果，36株结肠弯曲菌分为21种ST型，优势克隆群为CC828;携带大环内脂类、喹诺酮类、氨基糖苷类、酰胺醇类、四环素类等多种类型耐药基因；携带6类38种毒力基因。wgSNPs遗传进化分析显示克隆群CC1150与优势克隆群CC828相距较远，处于独立的分枝，CC828克隆群内菌株聚集成3簇，呈现多样性分布。结论 北京市人源结肠弯曲菌分离株耐药严重，多重耐药谱广泛；耐药基因与耐药表型有一定的关联；克隆复合体以CC828为主，具有较高的遗传多样性。

• 单位
  北京市疾病预防控制中心; 食物中毒诊断溯源技术北京市重点实验室