马铃薯Shaker基因家族全基因组鉴定和分析

作者:尹欢; 卓凤萍; 邓可宣; 任茂智
来源:重庆科技学院学报(自然科学版), 2019, 21(03): 104-116.
DOI:10.19406/j.cnki.cqkjxyxbzkb.2019.03.026

摘要

钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和保守结构域分析,最终从马铃薯基因组中鉴定出9个StShaker基因。通过分析其外显子/内含子结构、系统发育树、染色体分布、蛋白质序列等,发现StShaker基因能够分为5组,有4个保守的结构域,所有的StShaker基因在结构域I中都有一个核心的GYGD/E基序。低钾胁迫对大多数StShaker基因在转录水平上没有显著影响,StShaker可能是受转录后水平上的调控来影响马铃薯对钾离子的吸收。

全文