延边牛PPARγ基因的克隆及生物信息学分析

作者：张军芳; 孙建富; 孙斌; 唐琳; 王英; 王恩泽; 崔岩; 李强; 严昌国; 李香子^*

来源：中国畜牧兽医, 2021, 48(08): 2695-2704.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2021.08.002

• PPARγ
• 延边牛
• 生物信息学分析
• 基因克隆
• 实时荧光定量PCR

研究旨在克隆和分析延边牛过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)基因,并探讨其在延边牛不同组织中的表达规律。参考GenBank数据库中牛PPARγ的序列(登录号:NM181024.2)设计引物,以18月龄延边牛为试验对象,利用RT-PCR克隆得到延边牛PPARγ基因,利用NCBI中的BLAST程序与其他物种进行相似性分析并构建系统进化树;用生物信息学软件分析其核苷酸序列及其编码蛋白的理化性质、疏水性、信号肽、跨膜结构域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构等;用实时荧光定量PCR检测延边牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、皮下脂肪、肌肉8个组织中PPARγ基因的相对表达水平。结果显示,延边牛PPARγ基因CDS区序列为1 620 bp,相似性比对和系统进化树结果显示,与黄牛的亲缘关系最近,相似性为99.9%,与鸡的亲缘关系最远,相似性为82.1%;该基因编码505个氨基酸,无信号肽和跨膜结构域,为亲水性蛋白,主要分布在细胞核和细胞质中;延边牛PPARγ蛋白二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,存在53个潜在的磷酸化位点,24个O-糖基化位点;实时荧光定量PCR结果显示,延边牛PPARγ基因在脾脏、皮下脂肪、肝脏中表达量显著高于心脏(P<0.05),肺脏、肾脏、肌肉和小肠中表达量显著低于心脏(P<0.05)。以上试验结果可为进一步研究PPARγ基因的功能提供借鉴。

• 单位
  延边大学