基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe

作者：武乐; 李益楠; 孔德信; 周志鹏

来源：华中农业大学学报, 2022, 41(06): 143-151.

DOI：10.13300/j.cnki.hnlkxb.2022.06.016

• 转录组测序
• 差异表达分析
• 功能注释
• Snakemake
• Conda
• 自动化数据分析
• 可视化

为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据，本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程：RNApipe(Github:https：//github.com/ywu019/RNApipe.git)，其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因，以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析；其中，每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示，并保留重要的输出文件。使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明：RNApipe可以平稳运行，且注释结果准确。与现有的自动化分析流程相比，RNApipe的主要特点包括：工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性（易安装、易使用、易扩展）。研究表明，RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息。

• 单位
  生命科学技术学院; 华中农业大学