胆管癌特异性lncRNA相关ceRNA网络构建及分析

作者：刘乃文; 房晓南; 许聪^*

来源：社区医学杂志, 2020, 18(14): 998-1004.

DOI：10.19790/j.cnki.JCM.2020.14.07

• 胆管癌
• 计算生物学
• 长链非编码RNA
• 生存分析
• 基因调控网络

目的胆管癌是指源于肝外胆管包括肝门区至胆总管下端的胆管的恶性肿瘤。临床可采用手术治疗、放射治疗和化学治疗等方法,但总体预后较差。本研究使用生物信息学和基因组学数据分析方法,构建胆管癌特异性长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)相关的竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。方法首先,基于从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载的RNA表达谱数据及相应的临床数据,使用R语言的limma包发现差异表达的lncRNA和mRNA(log2FC>2.0,P<0.01);在此基础上,利用starBase v2.0数据库检索lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA作用对,再经过超几何检验(hyperPValue<0.01)、相关系数(r>0.5)和调节相似度(regSim≠0)的筛选,产生符合条件的lncRNA-miRNA-mRNA三元组并构建ceRNA网络;最后对网络中的关键lncRNA和mRNA进行生存分析和相关性分析。结果正常和肿瘤组织样本含318个差异表达的lncRNA和3 851个差异表达的mRNA;在此基础上构建了由14个lncRNA、48个miRNA和83个mRNA组成的lncRNA相关的胆管癌ceRNA网络。网络中有5个mRNA与胆管癌患者生存显著相关,分别为CEBPB、FANCE、LAMC1、GADD45B和TMEM164,均P<0.05。结果表明,H19-miR-130a-3p/miR-130b-3p-GADD45B是一个与胆管癌患者生存关联较为密切的ceRNA三元组。结论与生存关联的ceRNA三元组和mRNA可以作为潜在的治疗靶点,开展进一步的实验研究。

• 单位
  滨州医学院; 生命科学学院; 山东管理学院; 山东师范大学