范可尼贫血肿瘤相关通路的基因集富集分析

作者：周全全; 王晓娟; 竺晓凡; 袁卫平; 程涛

来源：中华血液学杂志, 2012, 33(5): 371-377.

DOI：10.3760/cma.j.issn.0253-2727.2012.05.005

• 范可尼贫血
• 肿瘤易感性
• 基因表达谱
• 基因集富集分析

目的 探讨范可尼贫血(FA)患者高肿瘤易感性的潜在机制与原因.方法 采用基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)对NCBI GEO数据库中21例FA患者和11例健康志愿者的骨髓单个核细胞基因表达谱进行比较研究,分析其在肿瘤相关通路及肿瘤相关基因集中的富集特征与核心富集基因.然后利用对基因本体学(Gene ontology)生物过程和结构基因组相关基因集的富集分析,迸一步阐释了该病高肿瘤易感性的潜在原因.结果 FA患者在抗Bcl-2抑制剂相关基因集和成纤维细胞生长因子、胰岛素及胰岛素样生长因子(IGF)信号通路介导的肿瘤基因集中有显著富集特征.其中核心富集基因D4S234E、SST、FGF、IGFR、FGFR和IGFBP等的高表达与促进肿瘤形成及耐药相关.在生物学过程上,FA患者细胞外分子的生物合成和结构与对照组具有显著差异.在结构基因组相关分析中发现,包含上述IGF2在内的转录起始位点附近具有模体RRCAGGTGNCV及CCTNTMAGA的基因集具有富集特征,其中前者与肿瘤发生的关键转录因子TCF3匹配.结论 FA患者的高肿瘤易感性与其体内在关键转录因子介导下的肿瘤相关细胞因子、激素等内环境变化密切相关.

• 单位
  中国医学科学院; 北京协和医学院; 实验血液学国家重点实验室