妊娠过程对于母体而言与半同种异体移植相似,母胎界面的微环境变化,可能与妊娠早期自然流产、胚胎发育不良、复发性流产等有关,但其发病机制临床尚未清楚。蛋白质组学是从整体水平研究细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态,将蛋白质组学应用在研究早期妊娠流产病理机制中发现,早期妊娠流产与机体肥胖、凝血功能异常、母胎界面血管形成异常、胎盘滋养下拨的侵袭力不足等相关,有利于临床相关疾病的早期诊断,本文综述蛋白质组学及其在早期妊娠流产中的应用情况。