全转录组分析建立食管癌风险预测模型及其评估

作者:冯杨波; 熊延路; 赵晋波; 雷杰; 辛少伟; 乔天运; 周永生; 张晓; 姜涛; 韩勇*
来源:中国胸心血管外科临床杂志, 2023, 30(04): 576-585.

摘要

目的 拟通过全转录组分析建立基于基因表达数据的食管癌(esophageal cancer,ESCA)风险预测模型,为改进ESCA治疗策略、提高患者预后提供依据。方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库获取食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)和食管腺癌(esophageal adenocarcinoma,EAC)组织及癌旁组织的RNA测序数据和癌组织对应的临床数据。通过edgeR法筛选出ESCA癌组织与正常组织的差异基因,并通过单变量Cox回归分析初步找出影响ESCC和EAC患者生存状态的关键基因。利用最小绝对收缩和选择算子回归分析和多变量Cox回归分析进一步筛选基因,并分别建立ESCC和EAC的风险评分预测模型。结果 风险评分是ESCA的独立预后因子,该风险评分与患者生存状态显著相关。在ESCC中,风险评分与T分期相关;在EAC中,风险评分与淋巴结转移、远处转移和临床分期相关。构建的以风险评分为基础的列线图展现出了较好的预测能力。ESCC中,风险评分和肿瘤免疫细胞浸润及免疫检查点基因的表达有关。然而,EAC中该特征并不显著。结论 ESCC和EAC的风险评分预测模型显示出了较好的预测能力,其对优化ESCA的管理、改善患者预后提供了启发和依据。