中国HIV基因序列数据管理及分析系统

作者:曹丕; 郭翀晔; 冯毅; 李林; 陈奇; 廖玲洁; 李韩平; 卢键; 阮玉华; 杨彤宸; 范国梅; 孙清岚; 李敬云*; 邢辉*; 吴林寰*
来源:中国艾滋病性病, 2023, 29(08): 848-853.
DOI:10.13419/j.cnki.aids.2023.08.02

摘要

本文研究制定了HIV基因序列数据管理的标准格式和数据质量控制的要求,并建立数据系统,对公共参考数据和用户提交的个人数据进行统一管理及分析。通过整合国内外HIV的流行病学和基因序列数据,构建了HIV流行毒株分子传播网络和耐药位点监测为主要功能的“中国艾滋病病毒基因序列数据平台”(https://nmdc.cn/hiv/)。平台融合基因序列质量控制、分子分型和分子网络等分析软件,建立了一体化分析流程,不仅能够提供在线分析工具,还利用融合的国内外基因序列数据,通过序列突变位点识别和分子分型分析,定位了全球和中国HIV-1序列的分型、突变位点及其耐药特征,通过结合多维数据综合分析,实现了全球和中国HIV-1毒株的时空分布谱的绘制、耐药突变谱的绘制,为解析全球不同亚型的耐药位点进化与传播规律,基于真实世界数据的HIV防治策略提供重要的数据支持。

全文