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摘要
为了鉴定和分析海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)背最长肌中差异表达的mRNA和lncRNA,试验以6月龄海南黑山羊及其F1代杂交羊公羊为试验动物，逐头采集背最长肌样品，采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对两种山羊背最长肌进行转录组测序分析，运用DESeq软件鉴定两种山羊背最长肌组织间差异表达的mRNA和lncRNA,对差异表达基因进行GO功能注释、KEGG信号通路富集分析，同时对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明：海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌间存在276个差异表达的mRNA,其中1个mRNA只在海南黑山羊背最长肌中表达，2个mRNA只在F1代杂交羊背最长肌中表达；在273个共同表达的mRNA中，根据差异倍数大小，排名前10位的分别是NDUFB5、TMEM237、LOC102170968、TXLNB、GPR63、OSBPL1A、KERA、LOC108638040、BMF、HSP70.1。存在145个差异表达的lncRNA,其中16个只在海南黑山羊背最长肌中表达，7个只在F1代杂交羊背最长肌中表达。276个差异表达基因共富集在50个GO功能条目上，主要包括生物学过程、细胞组分和分子功能，富集的KEGG信号通路主要包括PI3K-AKI、细胞因子与细胞因子受体相互作用、趋化因子、MAPK和黏着斑信号通路。获得197个差异表达lncRNA顺式作用靶基因和142个差异表达lncRNA反式作用靶基因。说明海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌具有不同表达水平的mRNA和lncRNA,两种山羊肌肉组织中均存在特异性表达的mRNA和lncRNA。
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