基于Illumina高通量测序技术的条叶榕基因组分析

作者：张晓青; 蔡伟飞; 郭铃; 肖建中; 徐飞

来源：分子植物育种, 2022, 1-10.

• 条叶榕
• 基因组大小
• 杂合度
• 简单重复序列

条叶榕(Ficus pandurata Hance var. angustifolia Cheng)是中国华东地区广泛使用的药食同源植物，著名畲药，有着悠久的应用历史。然而，目前对条叶榕的研究多集中在化学成分、药理活性等方面，对其分子水平的研究仍属空白。本研究采用Illumina高通量测序技术对条叶榕基因组进行测序，基于K-mer分析手段对条叶榕基因组大小及杂合度进行估算，并利用MISA方法对可能的SSR分子标记进行分析。结果表明，条叶榕的基因组大小为392.94 Mb，基因组杂合度约为1.23%-1.25%，重复序列比例约为33.66%，在基因组序列中，共搜索到2 399 369个SSR，其中，单、双、四、三核苷酸重复模体的比例较高。根据测序结果，在所构建的300～500 bp文库中，随机抽取10000对reads数据，在NT库内按阈值1e-10选取identity最高值进行BLAST比对，发现条叶榕近缘物种无花果(Ficus carica)和川桑(Morus notabilis)上的reads数分别占比对上NT库reads数的31.89%和14.96%。通过对条叶榕基因组大小、杂合度及SSR 分子标记的调查分析，为条叶榕的遗传多样性分析、品种选育及资源保护提供了遗传信息支撑。

• 单位
  丽水学院