可变剪接事件结合剪接因子预测乳头状肾细胞癌生存模型的建立

作者：吴锴; 郝海龙^*

来源：国际泌尿系统杂志, 2023, 43(01).

• 癌, 肾细胞
• 可变剪接
• 剪接因子

目的探讨可变剪接事件结合剪接因子对乳头状肾细胞癌患者预后的预测作用。方法从TCGA数据库下载乳头状肾细胞癌患者的临床相关资料(性别、年龄、分期等)及转录组数据, 并从TCGASpliceSeq数据库获得可变剪接事件信息。通过R语言软件及程序包, 使用LASSO、Cox回归模型筛选相关可变剪接事件及相关特异剪接因子, 建立乳头状肾细胞癌预后模型, 进行独立预后分析, 并绘制剪接事件相关的调控网络。结果通过单因素Cox比例风险回归模型确定1 405个可变剪接事件与乳头状肾细胞癌相关, 包括可变受体位点(AA)事件98个、可变供体位点(AD)事件101个、可变启动子(AP)事件333个、可变终止子(AT)事件346个、外显子跳跃(ES)事件448个、外显子互斥(ME)事件3个和内含子保留(RI)事件76个。经过LASSO、多因素Cox比例风险回归分析, 并结合临床数据, 显示可变剪接事件(C16orf13|32924|ES、TSFM|22759|ES、MACF1|1881|ES、ATP5C1|10726|ES、UNG|24277|AP、UNKL|33077|AP)可能是乳头状肾细胞癌的独立预后风险因素(HR=1.028, 95%CI:1.018～1.039, P<0.01)。通过相关性分析寻找乳头状肾细胞癌中可变剪接事件与剪接因子之间的潜在调控关系, 构建调控网络, 共116个剪接因子及1 059个可变剪接事件纳入分析, 其中正、负相关调控事件分别为553、506个。结论可变剪接事件结合相关临床数据对预测乳头状肾细胞癌患者预后具有一定意义, 对探索乳头状肾细胞癌的研究具有重要作用。

• 单位
  山西省肿瘤医院