目的 针对大规模16S rRNA基因序列聚类问题，对目前一些常见的OTUs划分算法，从不同数据集及多种评价指标方面进行比较研究。方法 在模拟数据集与真实数据集上，对现有12种经典OTUs划分算法进行了定量对比研究，并分析了这些算法的优缺点及使用范围。结果 对于同一个方法，不同数据集对聚类结果有影响。结论 相同的序列相似性阈值下，不同的聚类算法聚类结果差异较大，只有少数方法(如CD-HIT, USEARCH, VSEARCH和DBH)可以处理大数据及长序列数据。
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