由于杂交水稻在我国粮食生产中占有十分重要的地位,因而种子纯度和品种真实性问题备受关注。随着我国加入WTO和UPOV,传统的形态鉴定方法已不能有效适应当前种业发展和维权需要。特异的品种指纹鉴定应运而生,并显示出广阔的发展前景。本文从蛋白质指纹和DNA指纹两个方面,综述了杂交水稻品种指纹鉴定研究的进展和不足。并对SSR标记在品种指纹鉴定上的应用前景,单一特异标记的筛选和实验室标准检测技术的建立作了探讨和展望,以加快杂交水稻品种指纹鉴定的发展和应用。